人間の体には、異物や危険な侵入物から体を守るために、免疫システムが備わっています。
抗原とは、免疫システムが認識できる物質であり、免疫反応を刺激できる物質でもあります。抗原が危険と認識される場合、その抗原は免疫反応を刺激します。細菌、ウイルス、その他の微生物、寄生虫、がん細胞などは、その細胞の中あるいは表面に抗原をもっています。また食物の分子や花粉のように、そのものが抗原であることもあります。
正常な免疫反応には以下のものがあります。

• ・異物の抗原を見つけ出す
• ・防御力を活性化および動員する
• ・抗原を攻撃する
• ・攻撃を制御し終了させる

免疫システムが異常を起こすと、体が自分自身に対し免疫反応を引き起こしたり（自己免疫疾患）、体が微生物などの侵入に対し適切な免疫反応を示すことができなくなったりします（免疫不全疾患）。通常は無害な異物の抗原に対して体の免疫が過剰に反応し、正常な組織が傷つけられます（アレルギー反応）。
自然免疫、獲得免疫という防御線には白血球が関わっています。白血球は血流に乗って体内を巡り、組織に入り込んで微生物などの異物を見つけ出し、攻撃します。
自然免疫は、侵入した微生物などが体にとって未知のものであっても、機能します。異物を認識する学習は必要なく、異物に直ちに反応できます。
獲得免疫では、リンパ球と呼ばれる白血球（B細胞と T細胞）が異物に遭遇すると、攻撃の方法を学習し、次に遭遇するときにより効果的に攻撃できるようそれぞれの異物を記憶します。いったん免疫ができれば、体は素早く反応することができます。
自然免疫と獲得免疫とは、相互に作用し合い、影響を及ぼし合います。
リンパ器官は、微生物やその他の異物、がん細胞や死傷した細胞などを組織からリンパ節に運び、これらの物質や細胞のろ過や破壊が行われます。その後、ろ過されたリンパ液は血流に戻ります。